DIA非標定量實驗原理

數據非依賴性掃描模式(Data-independent acquisition, DIA)是基于靜電場軌道阱Orbitrap帶來的一項全新的、全息式數據非依賴性采集定量技術，是近幾年來發展的一種新的質譜數據采集方式。該技術將傳統蛋白質組的高通量和質譜絕對定量MRM/PRM的精確定量及高重復性等優點集于一體。
    
通過液質聯用技術（LC-MS/MS）將質譜整個全掃描范圍分為若干個窗口，高速、循環地對每個窗口中的所有離子進行選擇、碎裂及檢測，從而無遺漏、無差異地獲得樣本中所有離子的全部碎片信息；無需指定目標肽段，掃描點數均勻，利用譜圖庫即可實現定性確證和定量離子篩選，并可實現數據回溯。

DIA技術流程

DIA技術應用

1、蛋白鑒定和定量；
2、差異蛋白的篩選和鑒定。

DIA實驗*輝駿服務優勢

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近十年服務經驗，眾多服務案例，服務成果得到優秀期刊認可

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對蛋白篩選與定量、低豐度蛋白鑒定方面有獨到見解，擅長針對客戶情況提出合適的方案建議

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DIA技術實驗服務信息

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DIA技術實驗 客戶文獻

1.Katalin B. et al:Reproducibility, Specificity and Accuracy of Relative Quantification Using Spectral Library-based Data-independent Acquisition. Mol Cell Proteomics. 2020，IF=4.87. 【研究內容】：在本研究中，研究者利用金標數據集，分析了DIA使用的不同光譜庫生成方法對于識別和定量的影響。研究表明，DIA在定量重復性、特異性和準確性方面均優于DDA技術，且DIA在低蛋白質含量的量化方面也優于DDA技術。 使用技術：DIA全息掃描定量、dia實驗檢測

2.Jarrett D. et al:Multiplexed Peptide Analysis using Data Independent Acquisition and Skyline. Nat Protoc. 2015，IF=10.419. 【研究內容】：研究者使用數據獨立采集(DIA)來定量復雜混合物中的肽。在該過程中，使用數據依賴采集(DDA)生成光譜庫，并從庫中所有肽的DIA數據中提取色譜圖。與SRM類似，DIA數據的定量是基于提取的MS/MS色譜圖曲線下的面積。文中還詳細介紹了一種基于目標MS/MS采集的適用于DIA的質量控制方法。 使用技術：DIA蛋白組學實驗服務、蛋白dia定量、非標定量DIA實驗外包

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中文標題：基于數據獨立采集和Skyline的多肽分析

發表期刊：Nature protocols

影響因子：13.491

運用技術：DIA非標定量蛋白質組學（由輝駿生物提供技術支持）

● 內容概述

本研究描述了在Q-Exactive質譜儀上使用數據獨立采集(DIA)在Skyline靶向蛋白質組學環境下檢測和定量復雜混合物中的多肽。DIA對MS/MS光譜的系統獲取與DDA相反，DDA獲取的MS/MS光譜只適用于鑒定一組隨機采樣的多肽。與選擇性反應監測(SRM)類似，可以使用有針對性的色譜提取從DIA數據中定量多肽。與SRM不同，數據采集不限于預先確定的一組目標肽。在該方案中，使用數據依賴采集(DDA)生成光譜庫，并從庫中所有肽的DIA數據中提取色譜圖。與SRM類似，DIA數據的定量是基于提取的MS/MS色譜圖曲線下的面積。此外，還詳細介紹了一種適用于DIA的基于目標MS/MS采集的質量控制方法。

● 方法流程

數據獨立獲取(DIA)是一種相對較新的基于質譜的技術，用于系統收集串聯質譜數據。DIA獲取的數據集被描述為樣本的“分子快照”，因為該數據可以查詢任何可檢測到的肽，既可以監測多肽的存在，也可以監測樣品中多肽豐度的變化。因此，DIA非常適合研究人員需要測量數百種(或更多)蛋白質的應用，或者研究人員希望在不需要獲取額外數據集的情況下靈活地研究多個假設的應用。本研究描述了如何使用DIA獲取和分析用于肽分析的質譜數據。與選擇性反應監測(SRM)或平行反應監測(PRM)等靶向采集方法相比，DIA的方法設置更簡單，后者需要復雜的程序來測量約50個以上的肽。

DIA幾乎只用于“自下而上”的質譜分析，即在分析之前使用蛋白水解酶(例如胰蛋白酶)將蛋白質消化成多肽。與完整蛋白質相比，合成的多肽降低了理化多樣性，簡化了樣品制備，提高了質譜靈敏度(圖1)。消化后，肽通過反相高效液相色譜(RP-HPLC)分離，并通過電噴霧電離(ESI)接口直接發射到質譜儀。在捕集儀器(如Q-Exactive)上，傳輸到質譜儀的離子在短時間內被收集，并通過質譜(MS)或串聯質譜(MS/MS)進行分析。

沒有“一刀切”的DIA方法。設計最佳DIA方法的一些關鍵考慮因素是樣品復雜性、色譜條件、所使用的質譜儀以及所需的靈敏度。DIA方法的許多參數可能需要根據實驗進行調整。DIA方法的一些關鍵性能特征包括：MS/MS隔離寬度、色譜采樣率、M/Z覆蓋范圍、分辨率、質量精度、AGC目標和最大離子注入時間、樣品注射次數等。

引用文獻：

Jarrett D. et al:Multiplexed peptide analysis using data-independent acquisition and Skyline.Nature protocols. 2015, IF=13.491